Dengan mewabahnya Corona Virus Disease 2019 (COVID-19) selama beberapa minggu terakhir ini, Bea Cukai Madiun membuat terobosan baru kepada para pegawainya dalam menjalankan tugas. Sebagian besar pegawai bekerja dengan status Work From Home (WFH) dan beberapa pegawai lainnya dengan status Work From Office (WFO). Para pegawai melaksanakan tugas dengan memanfaatkan layanan absensi dan penyelesaian tugas dengan aplikasi yang telah dikembangkan oleh Kantor Pusat Bea Cukai.
Dikecualikan untuk pegawai yang dikumandahkan (melaksanakan tugas di luar kantor) pada perusahaan kawasan berikat, pegawai tetap menjalankan tugas seperti biasa
